風雲急を告げる幕末の京の町に、一陣の風が駆け抜けた。残酷な宿命を背負った3人のくノ一、楓、桔梗、菖蒲。彼女たちを縛り付ける非常なる忍びの掟に、宿命と受け入れて生き延びるか、それとも新しい世界へと旅立つか…それでも再び彼女たちに密命が下される。命をかけた女たちの戦いが、今始まる…「陰陽師」に続くミルキーオリジナルアニメ第二弾！女忍者 幕末奇谭